El municipio de lezo se ve limitado al Norte por el monte Jaizkibel, al Oeste por el puerto de Pasajes, al Este por el alto de Gaintxurizketa y hacia el Sur por el río Oiartzun y la villa de Renteria. En todas estas fronteras se aprovecha de los accidentes geográficos como son los ríos, montes y la línea costera, para delimitar su jurisdicción municipal.
Su término municipal tiene una extensión de 12,94 km y su perímetro una longitud de 14.000 metros aproximadamente.
La cota mas alta es el monte Jaizkibel de 543 metros sobre el nivel del mar, montaña que la reparte con otros municipios como son Pasajes y Fuenterrabía.
La zona urbana se encuentra en una elevación de 18 metros sobre el nivel del mar.
Las temperaturas anuales de Lezo oscilan entre los 7º y los 12º en invierno y entre los 16º a los 20º en verano dándole gran benignidad y contrastes, originándo pequeños microclimas como en la zona de Gaintxurizketa.